Les principes majeurs qui guident les interventions du FNDASP sont:

• la sélectivité : l'offre de services se fait sur une base compétitive et contractuelle ;
  
  
• la conformité : l'offre de services est une réponse à la demande des OP et leurs membres ;
  
  
• l'équidistance institutionnelle : la répartition des ressources se fait objectivement entre la Recherche, le Conseil agricole, la Formation des producteurs et l'appui institutionnel aux organisations professionnelles agricoles ;
  
  
• la subsidiarité : l'exécution de la prestation est confiée à  l'entité la plus habilitée et la plus proche des producteurs ;
  
  
• la spécificité : le financement des missions de base des prestataires est séparé du financement de leurs projets opérationnels ;
  
  
• l'équité territoriale : la répartition des ressources est équitable entre les différentes zones agro- écologiques du pays ;
  
  
• la redevabilité : les prestataires ont le devoir de rendre compte aux bénéficiaires de l'exécution des activités convenues ;
  
  
• le ciblage genre et l'inclusion sociale : une attention particulière est accordée aux groupes vulnérables ;
  
  
• la solidarité intra et inter filières : il est assuré la promotion d'une péréquation verticale (les maillons forts supportent les faibles) et d'une péréquation horizontale (les filières fortes soutiennent les faibles);
  
  
• la durabilité : une pérennisation du financement du développement agro-sylvo-pastoral et halieutique est assurée.